A new classification of<i>Carex</i>(Cyperaceae) subgenera supported by a HybSeq backbone phylogenetic tree
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The field of systematics is experiencing a new molecular revolution driven by the increased availability of high-throughput sequencing technologies. As these techniques become more affordable, the increased genomic resources have increasingly far-reaching implications for our understanding of the Tree of Life. With c. 2000 species, Carex (Cyperaceae) is one of the five largest genera of angiosperms and one of the two largest among monocots, but the phylogenetic relationships between the main lineages are still poorly understood. We designed a Cyperaceae-specific HybSeq bait kit using transcriptomic data of Carex siderosticta and Cyperus papyrus. We identified 554 low-copy nuclear orthologous loci, targeting a total length of c. 1 Mbp. Our Cyperaceae-specific kit shared loci with a recently published angiosperm-specific Anchored Hybrid Enrichment kit, which enabled us to include and compile data from different sources. We used our Cyperaceae kit to sequence 88 Carex spp., including samples of all the five major clades in the genus. For the first time, we present a phylogenetic tree of Carex based on hundreds of loci (308 nuclear exon matrices, 543 nuclear intron matrices and 66 plastid exon matrices), demonstrating that there are six strongly supported main lineages in Carex: the Siderostictae, Schoenoxiphium, Unispicate, Uncinia, Vignea and Core Carex clades. Based on our results, we suggest a revised subgeneric treatment and provide lists of the species belonging to each of the subgenera. Our results will inform future biogeographic, taxonomic, molecular dating and evolutionary studies in Carex and provide the step towards a revised classification that seems likely to stand the test of time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».