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Enregistrement W3046529597 · doi:10.1002/ajb2.1511

Character evolution of modern fly‐speck fungi and implications for interpreting thyriothecial fossils

2020· article· en· W3046529597 sur OpenAlexafffund
Ludovic Le Renard, André Luiz Firmino, Olinto Liparini Pereira, Ruth A. Stockey, Mary L. Berbee

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Botany · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycorrhizal Fungi and Plant Interactions
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaWestern Canada Research GridCompute Canada
Mots-clésDothideomycetesBiologyCharacter evolutionMaximum parsimonyTaxonEvolutionary biologyRibosomal DNAMolecular clockPhylogeneticsPhylogenetic treeCladeBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Premise Fossils show that fly‐speck fungi have been reproducing with small, black thyriothecia on leaf surfaces for ~250 million years. We analyzed morphological characters of extant thyriothecial fungi to develop a phylogenetic framework for interpreting fossil taxa. Methods We placed 59 extant fly‐speck fungi in a phylogeny of 320 Ascomycota using nuclear ribosomal large and small subunit sequences, including newly determined sequences from nine taxa. We reconstructed ancestral character states using BayesTraits and maximum likelihood after coding 11 morphological characters based on original observations and literature. We analyzed the relationships of three previously published Mesozoic fossils using parsimony and our morphological character matrix, constrained by the molecular phylogeny. Results Thyriothecia evolved convergently in multiple lineages of superficial, leaf‐inhabiting ascomycetes. The radiate and ostiolate scutellum organization is restricted to Dothideomycetes. Scutellum initiation by intercalary septation of a single hypha characterizes Asterinales and Asterotexiales, and initiation by coordinated growth of two or more adjacent hyphae characterizes Aulographaceae. Scutella in Microthyriales are initiated apically on a lateral hyphal branch. Patterns of hyphal branching in scutella contribute to distinguishing among orders. Parsimony resolves three fossil taxa as Dothideomycetes; one is further resolved as a member of a Microthyriales‐Zeloasperisporiales clade within Dothideomycetes. Conclusions This is the most comprehensive systematic study of thyriothecial fungi and their relatives to date. Parsimony analysis of the matrix of character states of modern taxa provides an objective basis for interpreting fossils, leading to insights into morphological evolution and geological ages of Dothideomycetes clades.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,850
Score d'incertitude au seuil0,128

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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