Secret arsenal of a cereal killer- cryptic activation of secondary metabolism biosynthesis in Fusarium graminearum
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium graminearum is a fungal pathogen and is a major causal agent of diseases in several agriculturally important crop species.In addition to the disease that diminishes grain yield, this pathogen produces secondary metabolites that are harmful to both plants and animals.Secondary metabolites are not essential for survival, instead, they enable the pathogen to successfully infect its host.In fungi, genes necessary to produce secondary metabolites are often arranged together in the genome, forming secondary metabolic clusters (SMCs).The F. graminearum genome contains 76 such clusters with a potential to produce a diverse array of secondary metabolites (SMs).However, given high functional specificity and energetic cost, most of these clusters remain silent, or "cryptic," unless the organism is subjected to an environment conductive to SM production.Alternatively, SMCs can be activated by genetically manipulating their activators or repressors.The goal of this dissertation is to establish the transcriptional factor TRI6 and the MAP kinase MGV1 as regulators of secondary metabolism by genetically altering their expression and thus activating cryptic SMCs in F. graminearum.TRI6 is a transcriptional factor that regulates the trichothecene group of mycotoxins and other non-trichothecene genes.MGV1 is a MAP kinase, implicated in regulation of diverse cellular responses, including secondary metabolite biosynthesis.We used transcriptomic and metabolomic analyses to identify SMCs regulated by TRI6 and MGV1.We discovered that at the transcriptional level, MGV1 and TRI6 co-regulate biosynthesis of four SMs; however, MGV1 also exerts its control of three SMCs at the post-transcriptional level.Finally, at the mechanistic level, we demonstrate that TRI6 regulates the trichothecene genes by directly binding to the promoters of the genes of the cluster.However, the regulation of other SMCs such as gramillin is achieved indirectly, through physical binding of TRI6 to the cluster-specific protein GRA2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».