Antimicrobial resistance: Prevalence, genetics and associations with antimicrobial use in food-producing animals
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial use (AMU) in livestock has come under growing criticism. There is increasing pressure to optimize AMU in food-producing animals, which will likely entail restrictions and voluntary reductions of their use, as well as implementation of protocols promoting antimicrobial stewardship. In this thesis, 1) methods were compared for obtaining AMU data on dairy farms, 2) factors associated with the prevalence of antimicrobial resistance (AMR) in non-aureus staphylococci (NAS) isolated from intramammary infections were studied, 3) treatment strategies for non-severe clinical mastitis (CM) in dairy cattle were contrasted, and 4) effects of restricted antimicrobial use in food-producing animals towards the prevalence of AMR genes (ARGs) were evaluated. Chapter 2 confirmed that treatment records accurately quantified AMU in well-managed dairy herds. Yet, their widespread adoption into AMU surveillance cannot be recommended, due to an underestimation of AMU in herds with elevated bulk tank somatic cell count. In regard to AMR, Chapter 3 demonstrated that resistance against tetracycline, penicillin and erythromycin in NAS was common in Canadian dairy herds. In Chapter 4, factors associated with AMR were further explored. An association between AMR in NAS and AMU was present when penicillins, 3rd-generation cephalosporins or macrolides were administered systemically, whereas intramammary use of antimicrobials were not associated with AMR. As antimicrobials classified as critically important antimicrobials (CIAs) for humans were associated with AMR, in Chapter 5 a systematic review was done to assess whether CIAs and non-CIAs had comparable efficacy to treat non-severe bovine CM caused by the most prevalent bacteria causing mastitis worldwide. No protocol including the use of CIAs had superior bacteriological cure rates of non-severe CM than protocols relying on non-CIAs. Therefore, no adverse effects in terms of animal health should be expected by ceasing use of CIAs for treating non-severe CM in dairy herds. A second systematic review showed that restricted AMU in food animals was associated with a lower presence of ARGs in bacteria isolated from animals and humans. Reducing use of CIAs to treat non-severe CM in typical dairy herds may reduce load of ARGs without significant impacts on animal health and welfare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».