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Enregistrement W3046992040 · doi:10.1073/pnas.2008191117

Molecular biology and structure of a novel penaeid shrimp densovirus elucidate convergent parvoviral host capsid evolution

2020· article· en· W3046992040 sur OpenAlexafffund
Judit J. Pénzes, Hanh Thi Pham, Paul R. Chipman, Nilakshee Bhattacharya, Robert McKenna, Mavis Agbandje‐McKenna, Peter Tijssen

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueInvertebrate Immune Response Mechanisms
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche Scientifique
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthCanadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésBiologyCapsidEvolutionary biologyConvergent evolutionVirologyCell biologyPhylogeneticsVirusGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance Parvoviruses (PVs) are ssDNA viruses, with T = 1 icosahedral symmetry, infecting deuterostome and protostome animals. Most PVs have a highly conserved phospholipase A2 domain (PLA2) in the N-terminal region of their minor capsid protein. Under acidic pH, during endosomal/lysosomal egress, the PLA2 domain is activated to disrupt vesicle membranes. However, certain PVs lack the PLA2 and thus must use a different escape mechanism. Our study offers insight into this enigma, showing how a recently discovered PV of marine crustacean has evolved a cation-dependent mechanism to accomplish this task. We also show how host-driven convergent evolution pushed two PVs, infecting the same host species, to adopt strikingly similar surface morphologies, despite distinct multimer interactions and lack of sequence similarity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,096
Score d'incertitude au seuil0,471

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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