Abstract B19: Identification of physiologically relevant EWS-FLI1 target genes in Ewing’s sarcoma via CRISPRa screening
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ewing’s sarcoma is an aggressive pediatric bone and soft-tissue cancer with a pathognomonic chromosomal translocation t(11;22) resulting in expression of EWS-FLI1, an “undruggable” fusion protein acting as a transcriptional modulator. Identification and ranking of repressed EWS-FLI1 target genes essential for cancer cell survival will potentially provide much-needed insights to develop novel therapeutic strategies. We performed a CRISPR activation (CRISPRa) dropout screen in Ewing cells. We generated a clonal SKNMC cell line homogenously expressing the synergistic activation mediator (SAM) CRISPRa system to functionally interrogate repressed EWS-FLI1 target genes. The systems functionality was tested using CD44, a surface marker absent on the surface of Ewing cells. We found robust and stable expression of CD44 after introduction of promoter-targeting gRNAs. The library of repressed EWS-FLI1 target genes, named LIBerty, was constructed to target 872 genes bioinformatically selected from publicly available silenced EWS-FLI1 RNA-Seq datasets as well as genes identified as repressed signature genes in Ewing’s sarcoma via meta-analysis with 3,777 unique guideRNAs. LIBerty was lentivirally delivered into SAM SKNMC cells and data from four biologic replicates were gathered at three time points: three, ten, and 21 days after infection. Cells were harvested and samples were prepared for next-generation sequencing (NGS) via PCR. The NGS data were evaluated with the analysis tool PinAPL-Py. Preliminary analysis of the screen revealed efficient selection of the positive control genes BAD and BBC3. In addition, high-ranking hits included CDKN1A and CDKN1C, both cell cycle regulators and known tumor-suppressor genes. Furthermore, we identified PCDH7 and TGFBR2, two genes already known from the literature to play a role in Ewing’s sarcoma. The presence of validated genes amid highest-ranking candidates confirms robustness of the conducted CRISPRa screen. Further analysis and validation of previously unexplored targets and pathways is currently ongoing. Our CRISPRa screen revealed both known as well as previously unknown EWS-FLI1 repressed genes whose absence of function is essential for tumor cell survival. Citation Format: Vadim Saratov, Qui A. Ngo, Gloria Pedot, Felix K. Niggli, Beat W. Schaefer. Identification of physiologically relevant EWS-FLI1 target genes in Ewing’s sarcoma via CRISPRa screening [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on the Advances in Pediatric Cancer Research; 2019 Sep 17-20; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(14 Suppl):Abstract nr B19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».