Anoxygenic photosynthesis and iron–sulfur metabolic potential of <i>Chlorobia</i> populations from seasonally anoxic Boreal Shield lakes
Notice bibliographique
Résumé
Aquatic environments with high levels of dissolved ferrous iron and low levels of sulfate serve as an important systems for exploring biogeochemical processes relevant to the early Earth. Boreal Shield lakes, which number in the tens of millions globally, commonly develop seasonally anoxic waters that become iron rich and sulfate poor, yet the iron-sulfur microbiology of these systems has been poorly examined. Here we use genome-resolved metagenomics and enrichment cultivation to explore the metabolic diversity and ecology of anoxygenic photosynthesis and iron/sulfur cycling in the anoxic water columns of three Boreal Shield lakes. We recovered four high-completeness and low-contamination draft genome bins assigned to the class Chlorobia (formerly phylum Chlorobi) from environmental metagenome data and enriched two novel sulfide-oxidizing species, also from the Chlorobia. The sequenced genomes of both enriched species, including the novel "Candidatus Chlorobium canadense", encoded the cyc2 gene that is associated with photoferrotrophy among cultured Chlorobia members, along with genes for phototrophic sulfide oxidation. One environmental genome bin also encoded cyc2. Despite the presence of cyc2 in the corresponding draft genome, we were unable to induce photoferrotrophy in "Ca. Chlorobium canadense". Genomic potential for phototrophic sulfide oxidation was more commonly detected than cyc2 among environmental genome bins of Chlorobia, and metagenome and cultivation data suggested the potential for cryptic sulfur cycling to fuel sulfide-based growth. Overall, our results provide an important basis for further probing the functional role of cyc2 and indicate that anoxygenic photoautotrophs in Boreal Shield lakes could have underexplored photophysiology pertinent to understanding Earth's early microbial communities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».