Abstract A70: Aqueous humor is superior to blood as a liquid biopsy for retinoblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Purpose: To evaluate whether blood demonstrates similar potential as aqueous humor (AH) to be used as a liquid biopsy for retinoblastoma (RB) and whether tumor-derived cell-free DNA (cfDNA) can be isolated as effectively from the blood as AH. Methods: AH was extracted via clear corneal limbal paracentesis from RB eyes at diagnosis or during intravitreal injection of chemotherapy. Matched peripheral venous blood samples were drawn. Shallow whole-genome sequencing was performed to assess for cell-free tumor DNA fractions and highly recurrent somatic copy number alterations (SCNAs) in the blood and AH samples. Results: Seven samples of AH taken at diagnosis and 13 samples at the time of intravitreal injection were compared to matched blood samples. The presence of any detectable SCNA in the AH was 11/20 and 0/20 in the blood (p=<0.001). The median size distribution of cfDNA molecules in the AH was 157.5 bp versus 181.5 bp in the blood (p=<0.001). Conclusions: The AH appears to be superior to the blood as a source of cell-free tumor DNA for retinoblastoma, thus a better target for development as a liquid biopsy for this cancer. Citation Format: Liya Xu, Jesse L Berry, Ashley Polski, Rima Jubran, Peter Kuhn, Jonathan W. Kim, James Hicks. Aqueous humor is superior to blood as a liquid biopsy for retinoblastoma [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on the Advances in Pediatric Cancer Research; 2019 Sep 17-20; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(14 Suppl):Abstract nr A70.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».