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Enregistrement W3047338141 · doi:10.1038/s41436-020-0915-1

DYNC2H1 hypomorphic or retina-predominant variants cause nonsyndromic retinal degeneration

2020· article· en· W3047338141 sur OpenAlexaff
Anjali Vig, James A. Poulter, Erika Tavares, Katerina Toropova, Anna M. Tracewska, Antonio Mollica, Jasmine Kang, Oshini Kehelwathugoda, Tara Paton, Jason T. Maynes, Gabrielle Wheway, Gavin Arno, John C. Ambrose, Prabhu Arumugam, Emma L. Baple, Marta Bleda, J. M. Boissiere, C. R. Boustred, Helen Brittain, Mark J. Caulfield, G. C. Chan, Candice Craig, Louise C. Daugherty, Anna de Burca, A. Devereau, Greg Elgar, Rebecca E. Foulger, Tom Fowler, Pedro Furió‐Tarí, J.M. Hackett, Dina Halai, Angela Hamblin, Shirley Henderson, John E. Holman, Tim Hubbard, Kristina Ibáñez, R. Jackson, J. Louise Jones, Dalia Kasperavičiūtė, Melis Kayikci, L. Lahnstein, Kim Lawson, S. E. A. Leigh, I. U. S. Leong, Fabrice Lopez, F. Maleady-Crowe, Joanne Mason, Ellen M. McDonagh, Loukas Moutsianas, Michael Mueller, Nirupa Murugaesu, Anna C. Need, Christopher A. Odhams, Christine Patch, D. Perez-Gil, Dimitris Polychronopoulos, J. Pullinger, T. Rahim, Augusto Rendon, Pablo Riesgo-Ferreiro, T. Rogers, Mina Ryten, K. Savage, K. Sawant, Richard H. Scott, Afshan Siddiq, A. Sieghart, D. Smedley, Katherine R. Smith, Alona Sosinsky, W. Spooner, Hallam Stevens, Alexander Stuckey, Rosy Sultana, Ellen Thomas, Simon R. Thompson, Carolyn Tregidgo, Arianna Tucci, Elizabeth T. Walsh, Scott Watters, M. J. Welland, Eric O. Williams, Katarzyna Witkowska, S. M. Wood, Magdalena Zarowiecki, Kamron N. Khan, Martin McKibbin, Carmel Toomes, Manir Ali, Matteo Di Scipio, Shuning Li, Jamie M. Ellingford, Graeme C. Black, Andrew R. Webster, Małgorzata Rydzanicz, Piotr Stawiński, Rafał Płoski, Ajoy Vincent, Michael E. Cheetham, Chris F. Inglehearn, A. J. Roberts, Elise Héon

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and Kidney Cyst Diseases
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchCancer Research UKWellcome Trust
Mots-clésRetinaRetinal degenerationRetinalDegeneration (medical)Macular degenerationMedicineOphthalmologyBiologyGeneticsNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Determining the role of DYNC2H1 variants in nonsyndromic inherited retinal disease (IRD). METHODS: Genome and exome sequencing were performed for five unrelated cases of IRD with no identified variant. In vitro assays were developed to validate the variants identified (fibroblast assay, induced pluripotent stem cell [iPSC] derived retinal organoids, and a dynein motility assay). RESULTS: Four novel DYNC2H1 variants (V1, g.103327020_103327021dup; V2, g.103055779A>T; V3, g.103112272C>G; V4, g.103070104A>C) and one previously reported variant (V5, g.103339363T>G) were identified. In proband 1 (V1/V2), V1 was predicted to introduce a premature termination codon (PTC), whereas V2 disrupted the exon 41 splice donor site causing incomplete skipping of exon 41. V1 and V2 impaired dynein-2 motility in vitro and perturbed IFT88 distribution within cilia. V3, homozygous in probands 2-4, is predicted to cause a PTC in a retina-predominant transcript. Analysis of retinal organoids showed that this new transcript expression increased with organoid differentiation. V4, a novel missense variant, was in trans with V5, previously associated with Jeune asphyxiating thoracic dystrophy (JATD). CONCLUSION: The DYNC2H1 variants discussed herein were either hypomorphic or affecting a retina-predominant transcript and caused nonsyndromic IRD. Dynein variants, specifically DYNC2H1 variants are reported as a cause of non syndromic IRD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,239
Score d'incertitude au seuil0,918

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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