Oxidized RNA Bodies compartmentalize translation quality control in <i>Saccharomyces cerevisiae</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Cytoplasmic RNA granules compartmentalize phases of the translation cycle. We previously reported on the localization of oxidized RNA in human cells to cytoplasmic foci called oxidized RNA bodies (ORBs). Oxidized mRNAs are substrates of translation quality control, wherein defective mRNAs and nascent polypeptides are released from stalled ribosomes and targeted for degradation. Therefore, we asked whether ORBs compartmentalize translation quality control. Here, we identify ORBs in Saccharomyces cerevisiae and characterize them using fluorescence microscopy and proteomics. ORBs are RNA granules that are distinct from processing bodies and stress granules. Several lines of evidence support a role of ORBs in the compartmentalization of central steps in the translation quality control pathways No-Go mRNA decay and ribosome quality control. Active translation is required by both translation quality control and ORBs. ORBs contain two substrates of translation quality control: oxidized RNA and a stalled mRNA-ribosome-nascent chain complex. Translation quality control factors localize to ORBs. Translation quality control mutants have altered ORB number per cell, size, or both. Therefore, ORBs are an intracellular hub of translational quality control.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».