Molecular phylogeny of sturgeon mimiviruses and Bayesian hierarchical modeling of their effect on wild Lake Sturgeon (Acipenser fulvescens) in Central Canada
Notice bibliographique
Résumé
Sturgeon mimiviruses can cause a lethal disease of the integumentary systems of sturgeon (Acipenseridae). Here we provide phylogeographic evidence that sturgeon mimivirus is endemic in endangered populations of wild Lake Sturgeon within Canada's Hudson Bay drainage basin. Namao virus (NV) variants were diagnosed in 24% of Lake Sturgeon samples (n = 1329) collected between 2010–2015. Lake Sturgeon populations with the highest virus prevalence were from the Nelson River (58%) in 2015, Saskatchewan River (41%) in 2010 and South Saskatchewan River (36%) in 2011. Bayesian phylogenetic reconstructions suggested that four NV variants, designated HBDB I-IV, co-circulate temporally and spatially within and between the genetically and biogeographically distinct Lake Sturgeon populations. Evidence from recapture studies suggested that Lake Sturgeon across the basin are persistently infected with NV at prevalence and titer (103.6 equivalent plasmid copies per μg DNA) levels consistent with the hypothesis that wild Lake Sturgeon populations serve as a maintenance population and reservoir for sturgeon mimiviruses. Bayesian hierarchical modeling of NV in the Landing River population of Lake Sturgeon suggested that host weight and age were the best predictors of sturgeon mimivirus presence and titer, respectively, whereas water flow rate, level and temperature, and number of previous captures did not significantly improve model fit. A negative relationship was estimated between sturgeon mimivirus presence and Lake Sturgeon weight and between virus titer and Lake Sturgeon age.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».