Abstract B28: A cross-species enhancer activity analysis approach to identify the Ewing sarcoma cell of origin
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ewing sarcoma is a malignant bone and soft tissue tumor in children and adolescents. In 85% of all cases the formation of Ewing sarcoma is caused by a chromosomal translocation, leading to the expression of the oncogene EWS-FLI1. This aberrant transcription factor is the main driver of the disease and leads to massive transcriptional dysregulation. Although the genetic mechanism driving Ewing sarcoma is well understood, an animal model adequately mimicking the disease is still lacking. One reason why modeling attempts have remained difficult is the elusive cell of origin in Ewing sarcoma. Several cell types including neural crest progenitor cells and mesenchymal stem cells have been proposed, but none of them has yet been confirmed as cell of origin of Ewing sarcoma. Towards identifying this cell of origin, we are currently following a novel cross-species approach by exploring the use of enhancers, which are specifically active in Ewing sarcoma cells, but were not created de novo by EWS-FLI1. Injection of reporter constructs into zebrafish embryos allows for visualization of cell types with activity of the selected enhancers and provides us with cell-of-origin candidate cell types. To investigate which of these candidate cells are permissive for development of Ewing-like tumors, we will also express EWS-FLI1 in these cells. If successful, this approach will not only reveal the Ewing sarcoma cell of origin but also result in a zebrafish Ewing sarcoma model, which will help to understand tumor initiation and progression and, furthermore, will be a valuable tool to develop novel therapeutic strategies. Citation Format: Sarah Grissenberger, Anna Poetsch, Monika Heinzl, Luisa Morelli, Nathan Sheffield, Niko Popitsch, Heinrich Kovar, Martin Distel. A cross-species enhancer activity analysis approach to identify the Ewing sarcoma cell of origin [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on the Advances in Pediatric Cancer Research; 2019 Sep 17-20; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(14 Suppl):Abstract nr B28.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».