Incorporating the plasmidome into antibiotic resistance surveillance in animal agriculture
Notice bibliographique
Résumé
Mobile genetic elements (MGE) carrying resistance genes represent a unique challenge to risk assessment and surveillance of antimicrobial resistance (AMR). Yet determining the mobility of resistance genes within animal microbiomes is essential to evaluating the potential dissemination from livestock to potential human pathogens, as well as evaluating co-selection mechanisms that may impact persistence of resistance genes with changing antibiotic use patterns. Current surveillance efforts utilize phenotypic testing and sequencing of individual isolates for tracking of AMR in livestock. In this work, we investigated the utility of using long-read sequencing of the plasmids from mixed Enterobacterales enrichments of swine fecal samples as a surveillance strategy for AMR plasmids. Enrichments were performed in either MacConkey broth without selection or with selection by addition of tetracycline or ceftriaxone, and plasmids were extracted and sequenced in order to evaluate the diversity of plasmids enriched by each method. Intact resistance plasmids were successfully assembled, as well as complex resistance transposons carrying multiple repeated elements that would interfere with assembly by short read sequencing technologies. Comparison of the assembled plasmids with representatives from public databases confirmed the quality of the assemblies and also revealed the occurrence of IncI2 plasmids carrying blaCMY-2 in Ontario swine samples, which have not been found in previous studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».