Population genomic data in spider mites point to a role for local adaptation in shaping range shifts
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Local adaptation is particularly likely in invertebrate pests that typically have short generation times and large population sizes, but there are few studies on pest species investigating local adaptation and separating this process from contemporaneous and historical gene flow. Here, we use a population genomic approach to investigate evolutionary processes in the two most dominant spider mites in China, Tetranychus truncatus Ehara and Tetranychus pueraricola Ehara et Gotoh, which have wide distributions, short generation times, and large population sizes. We generated genome resequencing of 246 spider mites mostly from China, as well as Japan and Canada at a combined total depth of 3,133×. Based on demographic reconstruction, we found that both mite species likely originated from refugia in southwestern China and then spread to other regions, with the dominant T. truncatus spreading ~3,000 years later than T. pueraricola. Estimated changes in population sizes of the pests matched known periods of glaciation and reinforce the recent expansion of the dominant spider mites. T. truncatus showed a greater extent of local adaptation with more genes (76 vs. 17) associated with precipitation, including candidates involved in regulation of homeostasis of water and ions, signal transduction, and motor skills. In both species, many genes (135 in T. truncatus and 95 in T. pueraricola) also showed signatures of selection related to elevation, including G‐protein‐coupled receptors, cytochrome P450s, and ABC‐transporters. Our results point to historical expansion processes and climatic adaptation in these pests which could have contributed to their growing importance, particularly in the case of T. truncatus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».