Natal Origin Identification of Green Turtles in the North Pacific by Genome-Wide Population Analysis With Limited DNA Samples
Notice bibliographique
Résumé
Although studies using genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs) are growing in non-model species, it is still difficult to prepare sufficient high-quality genomic DNA (gDNA) for population genomic analyses in many wild species. In this study, we first analyzed the population structure of green turtles in the North Pacific; four regions in Japan (the Yaeyama, Okinawa, Amami, and Ogasawara Islands), the Southeast Asia, Taiwan, the Federated States of Micronesia, the Republic Marshall Islands, and the Central or Eastern Pacific (C/E Pacific) using ≃1 ng of gDNA from green turtle field samples—including ones from dead carcasses—and multiplexed inter-simple sequence repeat (ISSR) genotyping by sequencing (MIG-seq). In addition, we explored whether the genome-wide SNP data narrowed down the natal origins of foraging turtles that were difficult to identify by mitochondrial DNA (mtDNA) haplotype alone. The overall nesting population structure observed from genome-wide SNPs was consistent with results from mtDNA, and the population isolation of the C/E Pacific and Ogasawara Islands from the other North Pacific populations was highlighted. However, the population boundaries among the Northwestern Pacific, other than those of the Ogasawaras, were not clear. The uniqueness of the Ogasawara population in genome-wide SNP data enabled the identification of turtles that were more likely to have been born on the Ogasawara Islands. Our results show that genome-wide SNP data are more practical in identifying the natal origins of turtles that were difficult determine by the conventional mtDNA-basis mixed stock analysis. This study also showed that MIG-seq can be expected to meet the potential demand to utilize many preserved or fragmented gDNA samples for population genomics in many marine megafaunas for which sample collections are difficult.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».