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Enregistrement W3048408117 · doi:10.3389/fmicb.2020.01969

Generation and Characterization of a Virulent Leptosphaeria maculans Isolate Carrying a Mutated AvrLm7 Gene Using the CRISPR/Cas9 System

2020· article· en· W3048408117 sur OpenAlexaff
Zhongwei Zou, Fei Liu, Carrie Selin, W. G. Dilantha Fernando

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Microbiology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBlacklegLeptosphaeria maculansBiologyVirulenceCanolaGenotypeMutantGeneticsGeneCRISPRPlant disease resistancePathogenBrassicaBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Blackleg, caused by the fungal pathogen Leptosphaeria maculans, is the most important disease affecting canola (Brassica napus) crops worldwide. We employed the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) system to generate the mutant isolate umavr7 from a point mutation of the AvrLm7 coding region in a L. maculans isolate (UMAvr7). Reverse transcription PCR and unpublished transcriptome data confirmed that the AvrLm7 gene was knocked out in the mutant isolate. Pathogenicity tests indicated that umavr7 can cause large lesions on a set of B. napus differential lines that express different resistance (R) genes. Comparative pathogenicity tests between UMAvr7 (wild type) and umavr7 on the corresponding B. napus cultivar 01-23-2-1 (with Rlm7) showed that umavr7 is a mutant isolate, producing large grey/green lesions on cotyledons. The pathogenicity of the mutant isolate was shifted from avirulent to virulent on the B. napus Rlm7 line. Therefore, this mutant is virulence on the identified resistant genes to blackleg disease in B. napus varieties/lines. Superoxide accumulated differently in cotyledons in response to infection with UMAvr7 and umavr7, especially in resistant cultivar 01-23-2-1. Resistance/susceptibility was further evaluated on 123 B. napus genotypes with the mutant isolate, umavr7. Only 6 of the 123 genotypes showed resistance to umavr7. The identification of these six resistant B. napus genotypes will lead to further studies on the development of blackleg disease resistance through breeding and the identification of novel R genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,226
Score d'incertitude au seuil0,442

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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