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Enregistrement W3048449967 · doi:10.1038/s41598-020-70393-4

The proteomic analysis of breast cell line exosomes reveals disease patterns and potential biomarkers

2020· article· en· W3048449967 sur OpenAlexaff
Yousef Risha, Zoran Minić, Shahrokh M. Ghobadloo, Maxim V. Berezovski

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueExtracellular vesicles in disease
Établissements canadiensIONICS Mass Spectrometry (Canada)University of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrovesiclesProteomeBreast cancerExosomeCancer researchMetastasisCancer cellChemistryProteomicsCancerBiologyBiochemistrymicroRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cancer cells release small extracellular vesicles, exosomes, that have been shown to contribute to various aspects of cancer development and progression. Differential analysis of exosomal proteomes from cancerous and non-tumorigenic breast cell lines can provide valuable information related to breast cancer progression and metastasis. Moreover, such a comparison can be explored to find potentially new protein biomarkers for early disease detection. In this study, exosomal proteomes of MDA-MB-231, a metastatic breast cancer cell line, and MCF-10A, a non-cancerous epithelial breast cell line, were identified by nano-liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry. We also tested three exosomes isolation methods (ExoQuick, Ultracentrifugation (UC), and Ultrafiltration-Ultracentrifugation) and detergents (n-dodecyl β-D-maltoside, Triton X-100, and Digitonin) for solubilization of exosomal proteins and enhanced detection by mass spectrometry. A total of 1,107 exosomal proteins were identified in both cell lines, 726 of which were unique to the MDA-MB-231 breast cancer cell line. Among them, 87 proteins were predicted to be relevant to breast cancer and 16 proteins to cancer metastasis. Three exosomal membrane/surface proteins, glucose transporter 1 (GLUT-1), glypican 1 (GPC-1), and disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (ADAM10), were identified as potential breast cancer biomarkers and validated with Western blotting and high-resolution flow cytometry. We demonstrated that exosomes are a rich source of breast cancer-related proteins and surface biomarkers that may be used for disease diagnosis and prognosis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,186
Score d'incertitude au seuil0,384

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations162
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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