The complex pattern of genetic associations of leprosy with HLA class I and class II alleles can be reduced to four amino acid positions
Notice bibliographique
Résumé
Leprosy is a chronic disease caused by Mycobacterium leprae. Worldwide, more than 200,000 new patients are affected by leprosy annually, making it the second most common mycobacterial disease after tuberculosis. The MHC/HLA region has been consistently identified as carrying major leprosy susceptibility variants in different populations at times with inconsistent results. To establish the unambiguous molecular identity of classical HLA class I and class II leprosy susceptibility factors, we applied next-generation sequencing to genotype with high-resolution 11 HLA class I and class II genes in 1,155 individuals from a Vietnamese leprosy case-control sample. HLA alleles belonging to an extended haplotype from HLA-A to HLA-DPB1 were associated with risk to leprosy. This susceptibility signal could be reduced to the HLA-DRB1*10:01~ HLA-DQA1*01:05 alleles which were in complete linkage disequilibrium (LD). In addition, haplotypes containing HLA-DRB3~ HLA-DRB1*12:02 and HLA-C*07:06~ HLA-B*44:03~ HLA-DRB1*07:01 alleles were found as two independent protective factors for leprosy. Moreover, we replicated the previously associated HLA-DRB1*15:01 as leprosy risk factor and HLA-DRB1*04:05~HLA-DQA1*03:03 as protective alleles. When we narrowed the analysis to the single amino acid level, we found that the associations of the HLA alleles were largely captured by four independent amino acids at HLA-DRβ1 positions 57 (D) and 13 (F), HLA-B position 63 (E) and HLA-A position 19 (K). Hence, analyses at the amino acid level circumvented the ambiguity caused by strong LD of leprosy susceptibility HLA alleles and identified four distinct leprosy susceptibility factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».