Microbial co-occurrence network analysis of soils receiving short- and long-term applications of alkaline treated biosolids
Notice bibliographique
Résumé
Agricultural soils are inherently disturbed systems where organic matter additions are considered to enhance microbial community structure and resilience. High-throughput sequencing of community was applied to soils receiving annual applications of an alkaline stabilized biosolid (ATB), at four increasing rates over 10 years, as an environmental stressor in contrast to a one-time application of ATB ten years prior. Bacterial community structure was more greatly influenced by annual ATB applications relative to fungi and eukaryotes. Specifically, higher relative abundances of Proteobacteria, Acidobacteria, Bacteroidetes, and Chloroflexi were measured in annual ATB rates relative to the single ATB rates and the control. High rates of annual ATB applications resulted in lower bacterial alpha-diversity, as well as fungal and eukaryotic Shannon diversity, but single ATB or lower rates of ATB applied annually showed increased alpha -diversity relative to the control. Soil microbiome responses to annual ATB and single ATB rates were also examined using co-occurrence network analysis. High rates and frequency of ATB application resulted in a decrease in network interactions, lower average number of neighbors, and reduced network density compared to control soils. A concomitant increase in network diameter and characteristic path length further suggests annual additions of ATB led to a more adapted, but less cooperative, state in the microbiome. The data suggest a more universal functional response of microbiomes to the stressors compared to community structure and local diversity. In particular, beta-analysis and network analysis were both able to resolve significant effects on soil microbiomes 10 years post-application of low rates of ATB. Community complexity and stability were increased by single low rate of ATB additions and decreased by single high rate and annual moderate rates of ATB additions. These results provide insights into the effects that ATB additions have on soil community after only one-time use and after annual additions over a decade.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».