Cytokine priming of naïve CD8 <sup>+</sup> T lymphocytes modulates chromatin accessibility that partially overlaps with changes induced by antigen simulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Naïve CD8 + T lymphocytes undergo antigen non-specific proliferation following exposure to certain synergistic combination of inflammatory (IL-6, IL-21) and homeostatic (IL-7, IL-15) cytokines. Such cytokine-stimulated naïve CD8 + T cells display increased T cell antigen receptor (TCR) sensitivity, allowing them to respond to limiting concentrations of cognate antigenic peptides and altered peptide ligands of lower affinity towards the TCR. The purpose of this study is to gain insight into the molecular mechanisms of such ‘cytokine priming’. Methods Naïve CD8 + T lymphocytes expressing the PMEL-1 transgenic TCR were stimulated with IL-15 and IL-21, and chromatin accessibility was assessed using the assay for transposase-accessible chromatin (ATAC) sequencing. Cells stimulated by the cognate antigenic peptide mgp100 25-33 were used as controls. Results Compared to naïve cells, cytokine-primed cells showed 212 opening and 484 closing peaks, whereas antigen-stimulated cells showed 12087 opening and 6982 closing peaks. However, a significant fraction of the opening (33%) and closing (63%) peaks of cytokine-primed cells overlapped with those of the antigenic stimulated cells. Chromatin accessibility peaks modulated in cytokine-primed cells were strongly represented in gene ontology pathways for T cell signaling, activation, regulation and effector functions. Many of the transcription factor binding motifs located close to the opening and closing peaks of cytokine-primed cells also occurred in antigen-stimulated cells. Conclusions Our data suggest that by modulating the gene expression programs involved in TCR signaling, cytokine priming induces a poised state that lowers the TCR signaling threshold in naïve CD8 + T cells and increases their antigen responsiveness.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».