Expression of genes involved in drug metabolism differs between perfusable 3D liver tissue and conventional 2D‐cultured hepatocellular carcinoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Tubular 3D liver tissue with enhanced capillary-like structures branching from a large main channel is potentially useful for drug discovery because the perfusable main channel and capillary-like structures enable mass transfer into and out from the tissue. Tubular liver tissue is comprised of the hepatocellular carcinoma cell line HepG2, human umbilical vein endothelial cells (HUVECs), and mesenchymal stem cells (MSCs), using a perfusion device functioning as the interface for an external pump. This study aimed to compare the expression of genes involved in drug metabolism between 2D-cultured hepatocellular carcinoma cells and 3D-cultured tubular liver tissue. Gene expression profiles of 2D-cultured cells and tubular liver tissue were compared using RNA sequencing. Multidimensional scaling analysis revealed that culture dimensionality had a more prominent effect on gene expression profiles than perfusion conditions. More specifically, genes involved in drug metabolism such as CYP2D6, CYP2E1, NNMT, and SLC28A1 were slightly upregulated in the 3D cultures, while certain genes such as ALDH1B1, ALDH1A2, and SULT1E1 were downregulated. These results indicate that gene expression profiles are largely influenced by culture dimensionality and are potentially useful to researchers intending to switch from 2D culture to 3D culture of hepatocellular carcinoma or other tissue types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».