CRISPR/Cas9-Mediated Targeted Mutagenesis of Wild Soybean (Glycine soja) Hairy Roots Altered the Transcription Profile of the Mutant
Notice bibliographique
Résumé
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) system has been regularly applied for genome editing and gene function identification in wild soybean (Glycine max) cultivars. However, till date no studies have demonstrated successful mutagenesis in wild soybean (Glycine soja) which is the ancestor of Glycine max and rich in stress tolerance genes. In the current study, we report the successful creation of mutations in the loci encoding plasma membrane Na+/H+ antiporter (SOS1) and nonselective cation channels (NSCC) in wild soybean hairy roots using the CRISPR/Cas9 system. Two genes, GsSOS1 and GsNSCC, were mutagenized with frequencies of 28.5% and 39.9%, respectively. Biallelic mutations in GsSOS1 were detected in transgenic hairy roots. GsSOS1 mutants exhibited altered Na+/K+ ratios in the roots under both control and salt-treated conditions. However, no significant effects of GsNSCC mutation on Na+/K+ ratios were observed. RNA-Seq analysis revealed that both GsSOS1 and GsNSCC mutation altered the transcription profiles in mutant roots. Many differentially expressed gene sets that are associated with various cellular functions were identified. Our results demonstrated that CRISPR/Cas9 systems as powerful tools for wild soybean genome editing and would significantly advance the gene mining and functional identification in wild soybean.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».