The circle to lariat ratio of the Ll.LtrB group II intron from Lactococcus lactis is greatly influenced by a variety of biological determinants in vivo
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial group II introns mostly behave as versatile retromobile genetic elements going through distinct cycles of gain and loss. These large RNA molecules are also ribozymes splicing autocatalytically from their interrupted pre-mRNA transcripts by two different concurrent pathways, branching and circularization. These two splicing pathways were shown to release in bacterial cells significant amounts of branched intron lariats and perfect end-to-end intron circles respectively. On one hand, released intron lariats can invade new sites in RNA and/or DNA by reverse branching while released intron circles are dead end spliced products since they cannot reverse splice through circularization. The presence of two parallel and competing group II intron splicing pathways in bacteria led us to investigate the conditions that influence the overall circle to lariat ratio in vivo. Here we unveil that removing a prominent processing site within the Ll.LtrB group II intron, raising growth temperature of Lactococcus lactis host cells and increasing the expression level of the intron-interrupted gene all increased the relative amount of released intron circles compared to lariats. Strengthening and weakening the base pairing interaction between the intron and its upstream exon respectively increased and decreased the overall levels of released intron circles in comparison to lariats. Host environment was also found to impact the circle to lariat ratio of the Ll.LtrB and Ll.RlxA group II introns from L. lactis and the Ef.PcfG intron from Enterococcus faecalis. Overall, our data show that multiple factors significantly influence the balance between released intron circles and lariats in bacterial cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».