Global population genomic analysis of <i>Mycoplasma bovis</i> isolates reveals transcontinental variations and potential virulence genes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Among more than twenty species belonging to the class Mollecutes, Mycoplasma bovis is the most common cause of bovine mycoplasmosis in North America and Europe. Bovine mycoplasmosis causes significant economic loss in the cattle industry. The number of M. bovis positive herds has recently increased in North America and Europe. Since antibiotic treatment is ineffective and no efficient vaccine is available, M. bovis -induced mycoplasmosis is primarily controlled by herd management measures such as the restriction of moving infected animals out of the herds and culling of infected animals or shedders. To better understand the population structure and genomic factors that may contribute to its transmission, we sequenced 147 M. bovis strains isolated from four different countries and hosts, primarily cattle. We performed a large-scale comparative analysis of M. bovis genomes by integrating 104 publicly available genomes and our dataset (251 total genomes). A whole genome-single nucleotide polymorphism (SNP)-based phylogeny revealed that M. bovis population structure is composed of five clades with one of the isolates clustering with the outgroup M. agalactiae . These isolates were found to cluster with those from Canada, Israel, Lithuania, and Switzerland, suggesting trans-continental transmission of the strains. We also validated a previous report suggesting minimum divergence in isolates of Australian origin, which grouped within a single clade along with strains from China and Israel. However, no observable pattern of host association in M. bovis genomes was found in this study. Our comparative genome analysis also revealed that M. bovis has an open pangenome with a large breadth of unexplored diversity of genes. Analysis of vsp gene-host association revealed a single vsp significantly associated with bovine isolates that may be targeted for diagnostics or vaccine development. Our study also found that M. bovis genome harbors a large number of IS elements, including a novel 1624 bp IS element, and ISMbov9. Collectively, the genome data and the whole genome-based population analysis in this study may help to develop control measures to reduce the incidence of M. bovis -induced mycoplasmosis in cattle and/or to identify candidate genes for vaccine development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».