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Enregistrement W3062204540 · doi:10.26685/urncst.188

Using CRISPR-X for Optimization of Antibodies Towards A30P α-synuclein Oligomers in Immunotherapy of Parkinson’s Disease

2020· article· en· W3062204540 sur OpenAlexaff
Isabell C. Pitigoi, Courtney E. Ostromecki

Notice bibliographique

RevueUndergraduate Research in Natural and Clinical Science and Technology (URNCST) Journal · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCRISPRParkinson's diseaseImmunotherapyAntibodyDiseaseComputational biologyVirologyMedicineBiologyImmunologyGeneticsImmune systemGenePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction: Parkinson’s disease (PD) is a neurodegenerative disorder characterized by progressive cell death in the substantia nigra portion of the midbrain, which results in severe dopamine imbalance and a subsequent loss of refined motor control. Pathogenicity arises from mutations driving the misfolding of alpha synuclein (ɑ-syn), thus leading to oligomerization and formation of Lewy body aggregates in neurons. Previous research has identified the A30P mutated oligomers, which are connected to familial early-onset PD, as particularly toxic intermediates. However, there are insufficient methods of targeting them in isolation of other forms of the ɑ-syn protein. We aim to modify existing approaches to immunotherapy of PD, by use of CRISPR-X and phage display, to design antibodies that are highly specific to the A30P oligomer. Methods: We will use CRISPR-X to produce a diverse library of antibodies by introducing point mutations in the sequences encoding their variable light (VL) and heavy (VH) chains. Then, via insertion into bacteriophages for multiple rounds of phage display selection, we should obtain a polyclonal selection of antibodies that exclusively recognize epitopes on A30P ɑ-syn. Each variant then produces a distinct monoclonal phage colony to be incubated with relevant antigens for affinity testing via enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Expected Results: We expect that measurements from ELISA would indicate low dissociation constants (KD) within the low micromolar (10-6) to nanomolar (10-7 to 10-9) range, when incubated with A30P oligomers. We predict that the resultant antibodies would have a higher affinity for the A30P oligomeric ɑ-syn than other forms of the protein. Furthermore, the novel antibodies are expected to have a higher specificity to this target antigen than the original antibodies that were modified. Discussion: By determining binding affinity, we verify the effectiveness of this method for improving specificity of in vitro antibody design. Upon further investigation using mice models, we would anticipate these novel antibodies could produce a specific reversal of the toxic effects of A30P in neuronal tissue. Conclusion: This study aims to establish a potential for CRISPR-X and phage selection to be used in antibody optimization for developing an immunotherapeutic treatment for PD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,063
Tête enseignante GPT0,442
Écart entre enseignants0,379 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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