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Enregistrement W3077642047 · doi:10.1101/2020.08.20.259101

Patterning the embryonic pulmonary mesenchyme

2020· preprint· en· W3077642047 sur OpenAlexafffund
Katharine Goodwin, Jacob M. Jaslove, Hirotaka Tao, Min Zhu, Sevan Hopyan, Celeste M. Nelson

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal Respiratory Health Research
Établissements canadiensSickKids FoundationUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthNational Heart, Lung, and Blood InstitutePrinceton UniversityCanadian Federation of University WomenEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésMesenchymeCell biologyMesenchymal stem cellBiologyWnt signaling pathwayMorphogenesisIngressionProgenitor cellEmbryonic stem cellEpitheliumMesodermAnatomyStem cellSignal transductionEmbryogenesisEmbryoGastrulationGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Smooth muscle guides morphogenesis of several epithelia during organogenesis, including the mammalian airways. However, it remains unclear how airway smooth muscle differentiation is spatiotemporally patterned and whether it originates from distinct mesenchymal progenitors. Using single-cell RNA-sequencing of embryonic mouse lungs, we show that the pulmonary mesenchyme contains a continuum of cell identities, but no distinct progenitors. Transcriptional variability correlates with sub-epithelial and sub-mesothelial mesenchymal compartments that are regulated by Wnt signaling. Live-imaging and tension-sensors reveal compartment-specific migratory behaviors and cortical forces, and show that sub-epithelial mesenchyme contributes to airway smooth muscle. Cytoskeletal and Wnt signaling pathways are activated early in reconstructed differentiation trajectories. Consistently, Wnt activation stimulates the earliest stages of smooth muscle differentiation and induces local accumulation of mesenchymal F-actin, which influences epithelial morphology. Our single-cell approach uncovers the principles of pulmonary mesenchymal patterning during branching morphogenesis and identifies a morphogenetically active mesenchymal layer that sculpts the airway epithelium.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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