Discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Chromatin interactions are essential in enhancer-promoter interactions (EPIs) and transcriptional regulation. CTCF and cohesin proteins located at chromatin interaction anchors and other DNA-binding proteins such as YY1, ZNF143, and SMARCA4 are involved in chromatin interactions. However, there is still no good overall understanding of proteins associated with chromatin interactions and insulator functions. Results Here, I describe a systematic and comprehensive approach for discovering DNA-binding motifs of transcription factors (TFs) that affect EPIs and gene expression. This analysis identified 96 biased orientations [64 forward-reverse (FR) and 52 reverse-forward (RF)] of motifs that significantly affected the expression level of putative transcriptional target genes in monocytes, T cells, HMEC, and NPC and included CTCF, cohesin (RAD21 and SMC3), YY1, and ZNF143; some TFs have more than one motif in databases; thus, the total number is smaller than the sum of FRs and RFs. KLF4, ERG, RFX, RFX2, HIF1, SP1, STAT3, and AP1 were associated with chromatin interactions. Many other TFs were also known to have chromatin-associated functions. The predicted biased orientations of motifs were compared with chromatin interaction data. Correlations in expression level of nearby genes separated by the motif sites were then examined among 53 tissues. Conclusion One hundred FR and RF orientations associated with chromatin interactions and functions were discovered. Most TFs showed weak directional biases at chromatin interaction anchors and were difficult to identify using enrichment analysis of motifs. These findings contribute to the understanding of chromatin-associated motifs involved in transcriptional regulation, chromatin interactions/regulation, and histone modifications.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».