Recent Advances on Graph Analytics and Its Applications in Healthcare
Notice bibliographique
Résumé
Graph is a natural representation encoding both the features of the data samples and relationships among them. Analysis with graphs is a classic topic in data mining and many techniques have been proposed in the past. In recent years, because of the rapid development of data mining and knowledge discovery, many novel graph analytics algorithms have been proposed and successfully applied in a variety of areas. The goal of this tutorial is to summarize the graph analytics algorithms developed recently and how they have been applied in healthcare. In particular, our tutorial will cover both the technical advances and the application in healthcare. On the technical aspect, we will introduce deep network embedding techniques, graph neural networks, knowledge graph construction and inference, graph generative models and graph neural ordinary differential equation models. On the healthcare side, we will introduce how these methods can be applied in predictive modeling of clinical risks (e.g., chronic disease onset, in-hospital mortality, condition exacerbation, etc.) and disease subtyping with multi-modal patient data (e.g., electronic health records, medical image and multi-omics), knowledge discovery from biomedical literature and integration with data-driven models, as well as pharmaceutical research and development (e.g., de-novo chemical compound design and optimization, patient similarity for clinical trial recruitment and pharmacovigilance). We will conclude the whole tutorial with a set of potential issues and challenges such as interpretability, fairness and security. In particular, considering the global pandemic of COVID-19, we will also summarize the existing research that have already leveraged graph analytics to help with the understanding the mechanism, transmission, treatment and prevention of COVID-19, as well as point out the available resources and potential opportunities for future research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».