Uncovering memory-related gene expression in contextual fear conditioning using ribosome profiling
Notice bibliographique
Résumé
Contextual fear conditioning (CFC) in rodents is the most widely used behavioural paradigm in neuroscience research to elucidate the neurobiological mechanisms underlying learning and memory. It is based on the pairing of an aversive unconditioned stimulus (US; e.g. mild footshock) with a neutral conditioned stimulus (CS; e.g. context of the test chamber) in order to acquire associative long-term memory (LTM), which persists for days and even months. Using genome-wide analysis, several studies have generated lists of genes modulated in response to CFC in an attempt to identify the "memory genes", which orchestrate memory formation. Yet, most studies use naïve animals as a baseline for assessing gene-expression changes, while only few studies have examined the effect of the US alone, without pairing to context, using genome-wide analysis of gene-expression. Herein, using the ribosome profiling methodology, we show that in male mice an immediate shock, which does not lead to LTM formation, elicits pervasive translational and transcriptional changes in the expression of Immediate Early Genes (IEGs) in dorsal hippocampus (such as Fos and Arc), a fact which has been disregarded by the majority of CFC studies. By removing the effect of the immediate shock, we identify and validate a new set of genes, which are translationally and transcriptionally responsive to the association of context-to-footshock in CFC, and thus constitute salient "memory genes".
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».