Genome Survey and Mitochondrial Genome Analysis of Wild Silkworm, <i>Bombyx mandarina</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
In this study, the genome of Bombyx mandarina is investigated and the mitochondrial genome is analyzed, which lays a reference for the whole genome sequencing and to provide basic data for the genetic relationships between Bombyx mandarina and Bombyx mori . Using the Illumina HiSeq2000 pair-end sequencing platform, a female Bombyx mandarina was sequenced. K-mer analysis was adopted to estimate genome size, heterozygosity and GC contend. SOAPdenove tools was applied to genome pre-assembled. The mitochondrial genome was assembled by NOVOPlasty, annotated and visualized by GeSeq online tool, MEGA-X used to build phylogenetic tree. Obtained 25.8 GB clean data, the estimated genome size of Bombyx mandarina is 456.5 Mb, the heterozygosity rate is 1.94%. After preliminary assembly, the scaffold N50 is 1792 bp, scaffold number is 737055, contig N50 is 587 bp, contig number is 1477268. As assembly and annotation, the mitochondrial genome of Qin-Ba wild silkworm is 15662 bp, a total of 37 genes were arranged in the mitochondrial genome, which did not have a gene rearrangement. According the phylogenetic tree of mitochondrial genome, wild silkworm could be divided into north or south group according to the geographical source. Wild silkworm came from the North China as Shaanxi, Shandong and Liaoning province has the closest genetical relationship with the domestic silkworm. Since the genome of Qin-ba wild silkworm belong to the complex genome, integrating the second-, the third- generation sequencing and Hi-C technology could be helpful to obtain high quality genomic of Bombyx mandarina . This study also supports the contention that domestic of silkworm descended from the northern of China, and implied that the Qin-ba mountain area could be one of the original regions of domestic silkworm.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle