MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3080928872 · doi:10.1139/cjm-2020-0118

Functional analysis of the <i>ocnE</i> gene involved in nicotine-degradation pathways in <i>Ochrobactrum intermedium</i> SCUEC4 and its enzymatic properties

2020· article· en· W3080928872 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

venuePublié dans une revue dont le pays d'attache est le Canada.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Microbiology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrobial metabolism and enzyme function
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFundamental Research Funds for the Central UniversitiesSouth-Central University for NationalitiesNatural Science Foundation of Hubei ProvinceNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésNicotineEnzymeGeneStrain (injury)ChemistryBiochemistryProtein degradationRecombinant DNAPlasmidBacteriaBiologyMolecular biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The SCUEC4 strain of Ochrobactrum intermedium is a newly isolated bacterium that degrades nicotine can use nicotine as the sole carbon source via a series of enzymatic catalytic processes. The mechanisms underlying nicotine degradation in this bacterium and the corresponding functional genes remain unclear. Here, we analyzed the function and biological properties of the ocnE gene involved in the nicotine-degradation pathways in strain SCUEC4. The ocnE gene was cloned by PCR with total DNA of strain SCUEC4 and used to construct the recombinant plasmid pET28a-ocnE. The overexpression of the OcnE protein was detected by SDS–PAGE analysis, and study of the function of this protein was spectrophotometrically carried out by monitoring the changes of 2,5-dihydroxypyridine. Moreover, the effects of temperature, pH, and metal ions on the biological activities of the OcnE protein were analyzed. The optimal conditions for the biological activities of OcnE, a protein of approximately 37.6 kDa, were determined to be 25 °C, pH 7.0, and 25 μmol/L Fe 2+ , and the suitable storage conditions for the OcnE protein were 0 °C and pH 7.0. In conclusion, the ocnE gene is responsible for the ability of 2,5-dihydroxypyridine dioxygenase. These findings will be beneficial in clarifying the mechanisms of nicotine degradation in O. intermedium SCUEC4.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,981

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,180
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle