A comprehensive view of the structure and expression of the ependymoma genome at presentation and relapse
Notice bibliographique
Résumé
2073 Background: Although pediatric and adult ependymomas are associated with significant mortality and morbidity, little is known about the biology of these tumors. To identify underlying genetic alterations and cellular pathways that drive this disease, we conducted a genomic study of 200 adult and pediatric ependymomas. Methods: Using 500k single nucleotide polymorphism arrays, U133 Affymetrix gene and microRNA (miRNA) expression microarrays, and appropriate bioinformatics, we characterized 56 supratentorial (ST), 104 posterior fossa (PF), and 40 spinal (SP) ependymomas. Real-Time polymerase chain reaction and fluorescence in situ hybridization validated observed genetic events. Results: Gene expression profiles segregated tumors by site and identified disease subgroups within each anatomical region (4 ST, 4 PF, 1 SP). miRNA expression profiles identified these same subgroups, indicating that they are biologically distinct. Subgroup-specific gene expression profiles were dictated partly by developmental regulatory genes and partly by large chromosomal gains (eg. 1q, 5p, 16p) and losses (eg. 9p, 22q). Integrated genetic and expression mapping revealed key candidate tumor suppressor (TSG) and onco- genes, likely drivers of these large alterations. While large chromosomal changes occurred more frequently in SP tumors (p < 0.0001), ST tumors averaged more focal changes (n = 13.2) than PF (n = 6.2) or SP tumors (n = 3.0) (p < 0.0001). A total of 29 and 33 non-random focal amplifications and deletions, respectively, encompassing 402 known genes and miRNA clusters, were validated, of which 80 displayed copy number driven expression. These genetic alterations targeted specific cellular functions (e.g., cell adhesion, cell-cycle, neuronal development) and pathways (e.g., NOTCH, EPHRIN, TP53). Our cohort also included five sample sets consisting of primary tumor and at least two corresponding relapses. Genomic analysis of these tumors identified large chromosomal alterations as well as focal gains and losses associated with disease relapse. Conclusions: We present a highly comprehensive view of the ependymoma genome, including 80 previously unrecognized candidate TSG and oncogenes that may afford diagnostic and therapeutic targets. No significant financial relationships to disclose.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».