Comparative genomic analysis of mobile genetic elements in Histophilus somni isolates from feedlot cattle
Notice bibliographique
Résumé
Organisms, including bacteria, are defined by the genes they possess. This genomic pool determines whether a bacterial species can survive or compete in a changing environment. Bacteria can acquire new genomic content through de novo mutations or through external genomic reservoirs via horizontal gene transfer. Horizontal gene transfer (HGT) is the exchange of genetic material through mobile genetic elements (MGE) between cells which have no parent-offspring relationship. The conjugation pathway is one of the main routes of HGT in bacteria and is in part mediated by plasmids or integrative and conjugative elements (ICE). ICEs can provide new genes through HGT which confer new phenotypic traits such as resistance to antibiotics and heavy metals, biofilm-formation and metabolic alterations. In this study, an ICE was identified in Histophilus somni, a Gram-negative bacterium that is one of the major bacteria involved in bovine respiratory disease (BRD). The ICE and other mobile genetic elements were identified through analysis of whole-genome sequences (WGS) of H. somni isolates collected from tissue samples from Canadian and American feedlot cattle mortalities. A variety of antimicrobial resistance genes were located within ICE sequences. AMR genes tet(H), Sul2/folP, APH(3”)-Ib, APH(6)-Id, and APH(3’’)-Ia, were identified. These genes may provide phenotypic resistance for the antimicrobial classes: tetracyclines, sulfonamides, phenicols and aminoglycosides. Plasmids were not identified in WGS files. No AMR genes were found on the chromosome other than those within ICE sequences. The ICEs in Canadian and American H. somni isolates exhibited similar genome assembly and genome content. The similarity of the ICE in Canadian and American H. somni isolates indicates that they may have moved between the two countries during import and export of cattle. The ICEs of H. somni were identified as members of the ICEHin1056 ICE-family. ICEs of the ICEHin1056 ICE-family have been identified in four bacterial species; two human-specific species, Haemophilus influenzae, and Haemophilus parainfluenzae, and the animal pathogens, H. somni, Actinobacillus pleuropneumoniae, M. haemolytica, and P. multocida.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».