Addressing a dual public health emergency: supporting physicians to prescribe opioid medications
Notice bibliographique
Résumé
<h3>Aims</h3> Carbapenem resistance in <i>Bacteroides fragilis</i> is emerging and is mainly attributed to insertion sequence (IS)-mediated activation of the carbapenemase gene <i>cfiA</i>. We investigated the use of matrix-assisted laser desorption ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and the CarbaNP assay for the rapid identification of these strains. <h3>Methods</h3> This study used the Bruker MALDI Biotype system and the mass spectra models generated by 20 <i>B. fragilis</i> reference strains (10 <i>cfiA</i>-positive and 10 <i>cfiA</i>-negative) in the ClinProTools software to identify 404 <i>B. fragilis</i> (71 <i>cfiA</i>-positive and 333 <i>cfiA</i>-negative) clinical isolates. The ability of the CarbaNP assay to detect IS-mediated activation of the <i>cfiA</i> gene was assessed and the results obtained by molecular analysis were used as reference methods. <h3>Results</h3> The support vector machine model generated by ClinProTools was found to be the most reliable algorithm for differentiation of <i>cfiA</i>-positive and <i>cfiA</i>-negative <i>B. fragilis</i> subgroups. Using the direct transfer method, all but one <i>cfiA</i>-negative isolates were correctly identified to the two subgroups by the model. The correct identification of the <i>cfiA</i>-negative isolate was obtained upon retesting by the extraction method. Of the 81 <i>cfiA</i>-positive isolates, PCR and sequencing showed that 30 had an IS element providing the promoter for activation of <i>cfiA</i>. With regard to the presence of the IS element, the CarbaNP test in the <i>cfiA</i> upstream region had 100% sensitivity, 80.4% specificity, 75.0% positive predictive value and 100% negative predictive value. <h3>Conclusions</h3> The combination of MALDI-TOF MS and the CarbaNP assay can be applied in diagnostic clinical laboratory for rapid identification of <i>B. fragilis</i> with IS element-activated <i>cfiA</i> gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».