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Enregistrement W3082216319 · doi:10.1016/j.mam.2020.100894

The Atlas of Inflammation Resolution (AIR)

2020· review· en· W3082216319 sur OpenAlexafffund
Charles N. Serhan, Shailendra K. Gupta, Mauro Perretti, Catherine Godson, Eoin Brennan, Yongsheng Li, Oliver Soehnlein, Takao Shimizu, Oliver Werz, Valerio Chiurchiù, Angelo Azzi, Marc Dubourdeau, Suchi Smita Gupta, Patrick Schopohl, Matti Hoch, Dragana Gjorgevikj, Faiz M. Khan, David Brauer, Anurag Tripathi, Konstantin Cesnulevicius, David Lescheid, Myron G. Schultz, Eva Särndahl, Dirk Repsilber, Robert L. Kruse, Angelo Sala, Jesper Z. Haeggström, Bruce D. Levy, János G. Filep, Olaf Wolkenhauer

Notice bibliographique

RevueMolecular Aspects of Medicine · 2020
Typereview
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversité de MontréalHôpital Maisonneuve-Rosemont
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchInstituto de TelecomunicaçõesMedical Research CouncilVersus ArthritisNational Institute of General Medical SciencesBundesministerium für Bildung und ForschungDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Institutes of HealthUniversiteit StellenboschFondazione Italiana Sclerosi MultiplaScience Foundation IrelandUniversity of South AlabamaUniversity of Kentucky
Mots-clésInflammationVisualizationComputational biologyComputer scienceImmune systemBioinformaticsBiologyImmunologyArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Acute inflammation is a protective reaction by the immune system in response to invading pathogens or tissue damage. Ideally, the response should be localized, self-limited, and returning to homeostasis. If not resolved, acute inflammation can result in organ pathologies leading to chronic inflammatory phenotypes. Acute inflammation and inflammation resolution are complex coordinated processes, involving a number of cell types, interacting in space and time. The biomolecular complexity and the fact that several biomedical fields are involved, make a multi- and interdisciplinary approach necessary. The Atlas of Inflammation Resolution (AIR) is a web-based resource capturing an essential part of the state-of-the-art in acute inflammation and inflammation resolution research. The AIR provides an interface for users to search thousands of interactions, arranged in inter-connected multi-layers of process diagrams, covering a wide range of clinically relevant phenotypes. By mapping experimental data onto the AIR, it can be used to elucidate drug action as well as molecular mechanisms underlying different disease phenotypes. For the visualization and exploration of information, the AIR uses the Minerva platform, which is a well-established tool for the presentation of disease maps. The molecular details of the AIR are encoded using international standards. The AIR was created as a freely accessible resource, supporting research and education in the fields of acute inflammation and inflammation resolution. The AIR connects research communities, facilitates clinical decision making, and supports research scientists in the formulation and validation of hypotheses. The AIR is accessible through https://air.bio.informatik.uni-rostock.de.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,082
Score d'incertitude au seuil0,274

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0050,005
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0040,003
Science ouverte0,0020,004
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0820,053

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,337
Écart entre enseignants0,310 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations170
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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