A COMPARISON OF MOLECULAR- AND HISTOPATHOLOGICAL-DIAGNOSES OF RENAL TRANSPLANT INDICATION BIOPSIES
Notice bibliographique
Résumé
Background: Kidney transplantation (KT) relies heavily on histologic examination of biopsies for identifying T cell mediated rejection (TCMR) and antibody mediated rejection (ABMR), which is problematic in terms of subjectivity, reproducibility, and even validity of the rules. Transplant medicine needs new diagnostic approaches to guide clinical management and prevent graft loss. Methods: This study was conducted as part of INTERCOMEX (The International Collaborative Microarray Study extension study), a prospective study that aimed to assess the feasibility of real time molecular microscope diagnostic system (MMDx) biopsy assessment by using microarrays. Biopsy samples in each center were immediately stabilized in RNAlater (Qiagen, Mississauga, Canada) and sent by courier to be processed (RNA extraction and labeling, microarray assessment, and normalization of the measurements with the reference set biopsy samples) and analyzed by using predefined algorithms. The classifier output is a score between 0.0 and 1.0, reflecting the probability that a biopsy is TCMR or ABMR. We assigned biopsies above a score of 0.1 as molecular TCMR and 0.2 as molecular ABMR.Results: Considering histology showing T-cell mediated rejection (TCMR), a total 23 patients consisted with histology positive, molecular score positive 6, histology positive, molecular score negative 7, histology negative, molecular score positive 3, and histology negative, molecular score negative 7. Thus in 7/13(54%) of biopsies called TCMR by histology did not have a molecular signal, and 3/9(33%) of biopsies with a molecular signal were not called TCMR by histology. All 9 biopsies with ABMR scores < 0.2 assessed as non-AMBR by histology. When the score was > 0.5, all 7 patients were assigned a diagnosis of ABMR in histologic features. 2 of 7 patients who had scores between 0.2 and 0.5 assessed as non-AMBR by histology. Conclusion: Molecular assessment is feasible and offers a useful new dimension in biopsy interpretation. Discrepancies between molecular scores and histology maybe be due to ambiguity in histologic diagnosis of TCMR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».