The dawn of Molecular Genetics in Paleoceanography: tracing Arctic change during the Holocene with marine sedaDNA records from Greenland
Notice bibliographique
Résumé
As we move towards a “blue” Arctic Ocean in the summer within the next decades, predicting the full range of effects of climate change on the marine arctic environment remains a challenge. This is partly due to the paucity of long-term data on ocean-biosphere-cryosphere interactions over time and partly because, today, much of our knowledge on past ocean variability derives from microfossil and biogeochemical tracers that all have considerable limitations such as preservation biases and low taxonomic resolution or coverage. Recent studies have revealed sedaDNA as a potential “game-changer” in our ability to reconstruct past ocean conditions, due to the preservation of DNA at low temperatures, and the possibility to capture a much larger fraction of the Arctic marine biome diversity than with classical approaches. However, while sedaDNA has been used in terrestrial, archeological, and lake studies for some years, its application to marine sediment records is still in its infancy. Here, we will present new results from material recently collected along the two Arctic Ocean outflow shelves off Greenland (Greenland Sea/Fram Strait and Northern Baffin Bay/Nares Strait). We have used a combination of modern and ancient DNA methods applied to seawater, surface sediments, and sediment cores covering the past ca. 12 000 years with the objectives of: 1) characterizing the vertical export of sea ice-associated genetic material through the water column and into the sediments following sea ice melt and 2) exploring the potential of sedaDNA from the circum-polar sea ice dinoflagellate Polarella glacialis as a new sea ice proxy. For the first objective, we followed a comparative metabarcoding approach while the second objective included designing species-specific primers followed by gene copy number quantification by a droplet digital PCR assay. We argue that sedaDNA will have a critical role in expanding the Paleoceanography “toolbox” and lead to the establishment of a new cross-disciplinary field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».