Abstract 2083: Alternative splicing regulation by the androgen receptor in prostate cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The androgen receptor (AR) is a transcription factor that drives prostate cancer (PCa) by modulating the expression of thousands of genes to promote proliferation and survival and to reprogram metabolism. However, how AR activation affects alternative splicing is mostly unknown. Our objective was to define its role in the transcriptome-wide regulation of alternative splicing. Three human PCa models–LNCaP, LAPC4, and 22Rv1 cells–were treated with and without androgens, and RNA was purified for deep-sequencing analyses (RNA-seq). Several bio-informatic tools were then used to study alternative splicing. We demonstrate that in the absence of androgens, alternative splicing complexity is similar among AR-positive PCa cells, with 48% of all transcripts having various levels of alternative splicing. We also describe splicing differences among cell lines, such as specific splicing of AR, REST, TSC2, and CTBP1. Interestingly, AR activation changed the alternative splicing of thousands of transcripts in all the cell lines tested. Overlap between AR-sensitive alternative splicing events revealed that genes linked to PCa metabolism are major targets for this specific modulation. These genes encode metabolic enzymes such as the prostate-specific membrane antigen (FOLH1), malate dehydrogenase 1 (MDH1), and malic enzyme 2 (ME2). Enzymatic assays revealed that AR alters their activities without changing their total gene expression levels, demonstrating that AR-driven regulation of alternative splicing has a direct effect on cancer cell metabolism. Overall, our study presents a comprehensive analysis of PCa cell transcriptome and its modulation by AR, revealing cell metabolism as a key target for AR-dependent regulation of alternative splicing. Citation Format: Lucas Germain, Camille Lafront, Jolyane Beaudette, Raghavendra Tejo Karthik Poluri, Cindy Weidmann, Etienne Audet-Walsh. Alternative splicing regulation by the androgen receptor in prostate cancer cells [abstract]. In: Proceedings of the Annual Meeting of the American Association for Cancer Research 2020; 2020 Apr 27-28 and Jun 22-24. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(16 Suppl):Abstract nr 2083.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».