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Enregistrement W3083106885 · doi:10.1111/febs.15548

The complex life of rhomboid pseudoproteases

2020· review· en· W3083106885 sur OpenAlexfundno aff
Colin Adrain, Miguel Cavadas

Notice bibliographique

RevueFEBS Journal · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueUbiquitin and proteasome pathways
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFundação Calouste GulbenkianQueen's UniversityQueen's University BelfastFundação para a Ciência e a Tecnologia“la Caixa” Foundation
Mots-clésRhomboidProteasesBiologyTransmembrane proteinCell biologyGeneticsEnzymeBiochemistryReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rhomboid pseudoproteases are catalytically inactive members of the rhomboid superfamily. The founding members, rhomboids, were first identified in Drosophila as serine intramembrane proteases that cleave transmembrane proteins, enabling signaling. This led to the discovery of the wider rhomboid superfamily, a clan that in metazoans is dominated by pseudoproteases. These so-called rhomboid pseudoproteases inherited from their catalytically active ancestors a conserved rhomboid-like domain and a propensity to regulate signaling. Lacking catalytic activity, they developed new 'pseudoenzyme' functions that include regulating the trafficking, turnover, and activity of their client proteins. Rhomboid pseudoproteases have preeminent roles in orchestrating immune cell activation, antiviral responses, and cytokine release in response to microbial infection, or in chronic diseases, and have also been implicated in growth factor signaling, cancer, and, more recently, metabolism. Here, we discuss the mechanism(s) of action of rhomboid pseudoproteases, contrasted with rhomboid proteases. We also highlight the roles of rhomboid pseudoproteases in mammalian physiology, which, quite paradoxically among pseudoenzymes, is understood much better than active rhomboids.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,068
Tête enseignante GPT0,324
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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