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Enregistrement W3083198685 · doi:10.1002/cyto.a.24224

<scp>ISAC</scp> Probe Tag Dictionary: Standardized Nomenclature for Detection and Visualization Labels Used in Cytometry and Microscopy Imaging

2020· article· en· W3083198685 sur OpenAlexaff
Kim Blenman, Josef Špidlen, David R. Parks, Wayne Moore, Adam Treister, Robert C. Leif, Chris Bray, Michael Goldberg

Notice bibliographique

RevueCytometry Part A · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensInstitute of AgingBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésComputer scienceCytometryReadabilityMicroscopySoftwareFlow cytometryPathologyBiologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Since the advent of microscopy imaging and flow cytometry, there has been an explosion in the number of probes, consisting of a component binding to an analyte and a detectable tag, to mark areas of interest in or on cells and tissue. Probe tags have been created to detect and/or visualize probes. Over time, these probe tags have increased in number. The expansion has resulted in arbitrarily created synonyms of probe tags used in publications and software. The synonyms are problematic for readability of publications, accuracy of text/data mining, and bridging data from multiple platforms, protocols, and databases for Big Data analysis. Development and implementation of a universal language for probe tags will ensure equivalent quality and level of data being reported or extracted for clinical/scientific evaluation as well as help connect data from many platforms. The International Society for Advancement of Cytometry Data Standards Task Force composed of academic scientists and industry hardware/software/reagent manufactures have developed recommendations for a standardized nomenclature for probe tags used in cytometry and microscopy imaging. These recommendations are shared in this technical note in the form of a Probe Tag Dictionary. © 2020 International Society for Advancement of Cytometry.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,128
Score d'incertitude au seuil0,800

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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