Differentially expressed genes in canola ( <i>Brassica napus</i> ) during infection by virulent and avirulent <i>Plasmodiophora brassicae</i> pathotypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gene expression profiling offers a means of understanding pathogenesis in clubroot of crucifers caused by the biotrophic pathogen Plasmodiophora brassicae . In this study, a canola ( Brassica napus ) cultivar 45H29 was inoculated with P . brassicae pathotypes 5I (P5I) and 5X (P5X), and the pathogen:plant DNA biomass ratio in roots was determined at 7, 14, and 21 days after inoculation (dai) by quantitative PCR (qPCR) analysis. The P5X:plant biomass ratio increased across the time course, while the P5I:plant biomass ratio decreased. To investigate genes differentially expressed during the infection process, the expression of 205 P . brassicae genes encoding putative secreted proteins was analysed from the inoculated samples at 14 dai. One of the 205 genes was expressed at a higher level in P5X than in P5I, while 15 genes were expressed at a higher level in P5I than in P5X. Of these 16, 13 genes encoded proteins with high cysteine content, while three genes encoded proteins with an RXLR motif. The expression of the 16 genes was analysed further in the 7‐ and 21‐dai samples. No transcripts of the 16 genes were detected from either pathotype at 7 dai. In contrast, 11 genes were differentially expressed between the two pathotypes at 21 dai, with nine being more highly expressed in P5X and two in P5I. One gene showed homology to PbSUNK2 found in P . brassicae ‐infected Arabidopsis thaliana root tissues. These 16 genes may offer important information to improve the current understanding of canola– P . brassicae interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».