A Reference Genome from the Symbiotic Hydrozoan, <i>Hydra viridissima</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Various Hydra species have been employed as model organisms since the 18th century. Introduction of transgenic and knock-down technologies made them ideal experimental systems for studying cellular and molecular mechanisms involved in regeneration, body-axis formation, senescence, symbiosis, and holobiosis. In order to provide an important reference for genetic studies, the Hydra magnipapillata genome (species name has been changed to H. vulgaris) was sequenced a decade ago (Chapman et al., 2010) and the updated genome assembly, Hydra 2.0, was made available by the National Human Genome Research Institute in 2017. While H. vulgaris belongs to the non-symbiotic brown hydra lineage, the green hydra, Hydra viridissima, harbors algal symbionts and belongs to an early diverging clade that separated from the common ancestor of brown and green hydra lineages at least 100 million years ago (Schwentner and Bosch 2015; Khalturin et al., 2019). While interspecific interactions between H. viridissima and endosymbiotic unicellular green algae of the genus Chlorella have been a subject of interest for decades, genomic information about green hydras was nonexistent. Here we report a draft 280-Mbp genome assembly for Hydra viridissima strain A99, with a scaffold N50 of 1.1 Mbp. The H. viridissima genome contains an estimated 21,476 protein-coding genes. Comparative analysis of Pfam domains and orthologous proteins highlights characteristic features of H. viridissima, such as diversification of innate immunity genes that are important for host-symbiont interactions. Thus, the H. viridissima assembly provides an important hydrozoan genome reference that will facilitate symbiosis research and better comparisons of metazoan genome architectures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».