Characterization of the rat Acetylcholinesterase readthrough (AChE-R) splice variant: Implications for toxicological studies
Notice bibliographique
Résumé
Exposure to chemicals and other environmental stressors can differentially impact the expression of Acetylcholinesterase (AChE) splice variants. Surprisingly, despite the widespread use of the rat model in toxicological studies and the wealth of literature on this important biomarker of neurotoxicity, AChE coding exons and splice variants are not yet fully annotated in this species. To address this knowledge gap, a short problematic region of the rat AChE genomic DNA present in GenBank was first re-sequenced. This revised genomic sequence was then aligned to rat AChE RefSeq mRNA and compared to orthologous mammalian sequences, in order to map the coding exon and intron boundaries of the rat AChE gene. Based on these bioinformatics analyses, a sequence was predicted for the yet-unannotated rat Acetylcholinesterase readthrough (AChE-R) splice variant. PCR primers designed to specifically amplify rat AChE-R were used to confirm its expression in rat PC12 cells. Compared to the canonical AChE-S splice variant, AChE-R was expressed at much lower levels but presented distinct regulation patterns in PC12 cells and rat primary cerebral granule cells (CGCs) following exposure to Chlorpyrifos (a well-known neurotoxic organophosphate pesticide). Taken together, these observations point to the evolutionary conservation of the AChE-R splicing event between rodents and human and to the distinct regulation of AChE splice variants in response to toxicological challenges.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».