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Enregistrement W3084360737 · doi:10.1101/2020.07.13.20153122

Replication assessment of <i>NUS1</i> variants in Parkinson’s Disease

2020· preprint· en· W3084360737 sur OpenAlexaff
Bernabé I. Bustos, Sara Bandrés‐Ciga, J. Raphael Gibbs, Dimitri Krainc, Niccolò E. Mencacci, Ziv Gan‐Or, Steven Lubbe

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNonsynonymous substitutionGenome-wide association studyGenetic associationExomeDiseaseGeneticsBiologyPopulationExome sequencingMedicineGeneGenomeMutationSingle-nucleotide polymorphismGenotypeInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The NUS1 gene was recently associated with Parkinson’s disease (PD) in the Chinese population. Here, as part of the International Parkinson’s Disease Genomics Consortium (IPDGC), we have leveraged large-scale PD case-control cohorts to comprehensively assess the NUS1 association in individuals of European descent. Burden analysis of rare nonsynonymous damaging variants across case-control individuals from whole-exome and -genome datasets did not find evidence of NUS1 association with PD. Overall, single variant tests for rare (MAF<0.01) and common (MAF>0.01) variants, including 15 PD-GWAS cohorts and summary statistics from the largest PD GWAS meta-analysis to date, also did not uncover any associations. Our results indicate a lack of evidence for a role of rare damaging nonsynonymous NUS1 variants in PD in unrelated case-control cohorts of European descent, suggesting that the previously observed association could be driven by extremely rare population-specific variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,008
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,042

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0080,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,313 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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