A single nucleotide polymorphism assay sheds light on the extent and distribution of genetic diversity, population structure and functional basis of key traits in cultivated north American cannabis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The taxonomic classification of Cannabis genus has been delineated through three main types: sativa (tall and less branched plant with long and narrow leaves), indica (short and highly branched plant with broader leaves) and ruderalis (heirloom type with short stature, less branching and small thick leaves). While still under discussion, particularly whether the genus is polytypic or monotypic, this broad classification reflects putative geographical origins of each group and putative chemotype and pharmacologic effect. METHODS: Here we describe a thorough investigation of cannabis accessions using a set of 23 highly informative and polymorphic SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers associated with important traits such as cannabinoid and terpenoid expression as well as fibre and resin production. The assay offers insight into cannabis population structure, phylogenetic relationship, population genetics and correlation to secondary metabolite concentrations. We demonstrate the utility of the assay for rapid, repeatable and cost-efficient genotyping of commercial and industrial cannabis accessions for use in product traceability, breeding programs, regulatory compliance and consumer education. RESULTS: We identified 5 clusters in the sample set, including industrial hemp (K5) and resin hemp, which likely underwent a bottleneck to stabilize cannabidiolic acid (CBDA) accumulation (K2, Type II & III). Tetrahydrocannabinolic acid (THCA) resin (Type I) makes up the other three clusters with terpinolene (K4 - colloquial "sativa" or "Narrow Leaflet Drug" (NLD), myrcene/pinene (K1) and myrcene/limonene/linalool (K3 - colloquial "indica", "Broad Leaflet Drug" (BLD), which also putatively harbour an active version of the cannabichrometic acid Synthase gene (CBCAS). CONCLUSION: The final chemical compositions of cannabis products have key traits related to their genetic identities. Our analyses in the context of the NCBI Cannabis sativa Annotation Release 100 allows for hypothesis testing with regards to secondary metabolite production. Genetic markers related to secondary metabolite production will be important in many sectors of the cannabis marketplace. For example, markers related to THC production will be important for adaptable and compliant large-scale seed production under the new US Domestic Hemp Production Program.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».