Delineating the key virulence factors and intraspecies divergence of <i>Vibrio harveyi</i> via whole-genome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Vibrio harveyi is one of the major pathogens in aquaculture. To identify the key virulence factors affecting pathogenesis of V. harveyi towards fish, we conducted a field investigation for three representative fish farms infected with V. harveyi. Multilocus sequence typing (MLST) and whole-genome sequencing were conducted to delineate the phylogenetic relationship and genetic divergence of V. harveyi. A total of 25 V. harveyi strains were isolated from the diseased fish and groundwater and were subtyped into 12 sequence types by MLST. Five virulence genes, mshB, pilA, hutR, ureB, and ureG, were variably presented in the sequenced strains. The virulence gene profiles strongly correlated with the distinct pathogenicity of V. harveyi strains, with a strain harboring all five genes exhibiting the highest virulence towards fish. Phenotype assay confirmed that reduced virulence correlated with decreased motility and biofilm formation ability. Additionally, three types of type VI secretion system, namely T6SS1, T6SS2, and T6SS3, were identified in V. harveyi strains, which can be classified into six, four, and 12 subtypes, respectively. In conclusion, the results indicated that the virulence level of V. harveyi is mainly determined by the above virulence genes, which may play vital roles in environmental adaptation for V. harveyi.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».