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Enregistrement W3087412484 · doi:10.1101/2020.09.18.292680

LiftPose3D, a deep learning-based approach for transforming 2D to 3D pose in laboratory animals

2020· preprint· en· W3087412484 sur OpenAlexaff
Adam Gosztolai, Semih Günel, Victor Lobato Ríos, Marco P. Abrate, Daniel Morales, Helge Rhodin, Pascal Fua, Pavan P Ramdya

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAdvanced Vision and Imaging
Établissements canadiensUniversity of British Columbia Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTriangulationArtificial intelligenceComputer visionComputer sciencePoseCalibrationKinematicsCamera resectioningDeep learningMacaqueSingle cameraMathematicsGeographyPsychologyCartographyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Markerless 3D pose estimation has become an indispensable tool for kinematic studies of laboratory animals. Most current methods recover 3D pose by multi-view triangulation of deep network-based 2D pose estimates. However, triangulation requires multiple, synchronized cameras and elaborate calibration protocols that hinder its widespread adoption in laboratory studies. Here, we describe LiftPose3D, a deep network-based method that overcomes these barriers by reconstructing 3D poses from a single 2D camera view. We illustrate LiftPose3D’s versatility by applying it to multiple experimental systems using flies, mice, rats, and macaque monkeys and in circumstances where 3D triangulation is impractical or impossible. Our framework achieves accurate lifting for stereotyped and non-stereotyped behaviors from different camera angles. Thus, LiftPose3D permits high-quality 3D pose estimation in the absence of complex camera arrays, tedious calibration procedures, and despite occluded body parts in freely behaving animals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,767
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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