A Novel DNA Chromatography Method to Distinguish <i>M. abscessus</i> Subspecies and Macrolide Susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rationale The clinical impact of infection with Mycobacterium abscessus complex (MABC), a group of emerging non-tuberculosis mycobacteria (NTM), is increasing. Mycobacterium abscessus subsp. abscessus / bolletii frequently shows natural resistance to macrolide antibiotics, whereas Mycobacterium abscessus subsp. massiliense is generally susceptible. Therefore, rapid and accurate discrimination of macrolide-susceptible MABC subgroups is required for effective clinical decisions about macrolide treatments for MABC infection. Objectives To develop a simple and rapid diagnostic that can identify MABC isolates showing macrolide susceptibility. Methods Whole genome sequencing (WGS) was performed for 148 clinical or environmental MABC isolates from Japan to identify genetic markers that can discriminate three MABC subspecies and the macrolide-susceptible erm (41) T28C sequevar. Using the identified genetic markers, we established PCR based- or DNA chromatography-based assays. Validation testing was performed using MABC isolates from Taiwan. Measurements and Main Results We identified unique sequence regions that could be used to differentiate the three subspecies. Our WGS-based phylogenetic analysis indicated that M. abscessus carrying the macrolide-susceptible erm (41) T28C sequevar were tightly clustered, and identified 11 genes that were significantly associated with the lineage for use as genetic markers. To detect these genetic markers and the erm (41) locus, we developed a DNA chromatography method that identified three subspecies, the erm (41) T28C sequevar and intact erm (41) for MABC in a single assay within one hour. The agreement rate between the DNA chromatography-based and WGS-based identification was 99.7%. Conclusions We developed a novel, rapid and simple DNA chromatography method for identification of MABC macrolide susceptibility with high accuracy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».