The use of ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding to enhance anthelmintic resistance diagnosis and surveillance of ovine gastrointestinal nematodes
Notice bibliographique
Résumé
A lack of quantitative information on the species composition of parasite communities present in fecal samples is a major limiting factor for the sensitivity, accuracy and interpretation of the diagnostic tests commonly used to assess anthelmintic efficacy and resistance. In this paper, we investigate the ability of ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding to enhance fecal egg count reduction testing by providing information on the effect of drug treatments on individual parasite species. Application of ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding to fecal samples from ewes from over 90 flocks across western Canada revealed high gastrointestinal nematode infection intensities in many flocks with Haemonchus contortus being the most abundant species followed by Teladorsagia circumcincta and then Trichostrongylus colubriformis. Integration of ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding with pre- and post-treatment fecal egg counting revealed consistently poor efficacy of producer-applied ivermectin and benzimidazole treatments against H. contortus, but much better efficacy against T. circumcincta and T. colubriformis, except for in a small number of flocks. Integration of nemabiome ITS-2 rDNA metabarcoding with Fecal Egg Count Reduction Tests (FECRT), undertaken on farm visits, confirmed that ivermectin and fenbendazole resistance is widespread in H. contortus but is currently less common in T. circumcincta and T. colubriformis in western Canada. FECRT/nemabiome testing did not detect moxidectin resistance in any GIN species but suggested the early emergence of levamisole resistance specifically in T. circumcincta. It also revealed that although poor efficacy to closantel was relatively common, based on total fecal egg counts, this was due to its narrow spectrum of activity rather than the emergence of anthelmintic resistance. This study illustrates the value of ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding to improve fecal egg count resistance testing, perform large-scale anthelmintic resistance surveillance and direct more targeted rational anthelmintic use.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».