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Enregistrement W3087756686 · doi:10.1242/dev.191213

FaceBase 3: analytical tools and FAIR resources for craniofacial and dental research

2020· review· en· W3087756686 sur OpenAlexaff
Bridget Samuels, Robert Aho, James F. Brinkley, Alejandro Bugacov, Eleanor Feingold, Shannon Fisher, Ana S. Gonzalez‐Reiche, Joseph G. Hacia, Benedikt Hallgrímsson, Karissa Hansen, Matthew P. Harris, Thach‐Vu Ho, Greg Holmes, Joan E. Hooper, Ethylin Wang Jabs, Kenneth L. Jones, Carl Kesselman, Ophir D. Klein, Elizabeth J. Leslie, Hong Li, Eric C. Liao, Hannah K. Long, Na Lü, Richard L. Maas, Mary L. Marazita, Jaaved Mohammed, Sara L. Prescott, Robert Schuler, Licia Selleri, Richard A. Spritz, Tomek Swigut, Harm van Bakel, Axel Visel, Ian Welsh, Cristina C. Williams, Joanna Wysocka, Yuan Yuan, Yang Chai

Notice bibliographique

RevueDevelopment · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCleft Lip and Palate Research
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesLawrence Berkeley National LaboratoryEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchWellcome TrustUniversity of PittsburghNational Human Genome Research InstituteU.S. Department of Energy
Mots-clésInteroperabilityCraniofacialMultidisciplinary approachBiologyVisualizationData sharingData scienceData managementResource (disambiguation)ReusabilityComputer scienceWorld Wide WebDatabaseData mining

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The FaceBase Consortium was established by the National Institute of Dental and Craniofacial Research in 2009 as a 'big data' resource for the craniofacial research community. Over the past decade, researchers have deposited hundreds of annotated and curated datasets on both normal and disordered craniofacial development in FaceBase, all freely available to the research community on the FaceBase Hub website. The Hub has developed numerous visualization and analysis tools designed to promote integration of multidisciplinary data while remaining dedicated to the FAIR principles of data management (findability, accessibility, interoperability and reusability) and providing a faceted search infrastructure for locating desired data efficiently. Summaries of the datasets generated by the FaceBase projects from 2014 to 2019 are provided here. FaceBase 3 now welcomes contributions of data on craniofacial and dental development in humans, model organisms and cell lines. Collectively, the FaceBase Consortium, along with other NIH-supported data resources, provide a continuously growing, dynamic and current resource for the scientific community while improving data reproducibility and fulfilling data sharing requirements.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,997
Score d'incertitude au seuil0,840

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,161
Tête enseignante GPT0,429
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations57
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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